🚀 go-pugleaf

Moja aplikacja (zasadniczo dwie strony: główna i administracyjna) 
dziwnie się zachowuje. Napisałem ją w PHP z wykorzystaniem frameworka 
CodeIgniter3. Działała.
Potem napisałem prosty obfuskator PHP i zakodowałem moją aplikację. 
Działała. Potem wprowdzałem zmiany w obfuskatorze. Zakodowałem aplikację 
i pojawił się problem.
O ile strona administracyjna działa OK, to zamiast strony głównej 
dostałem 404 Not Found. Nie mogąc znaleźć błędu w obfuskatorze (w 
/var/log/apach2/error.log
też nic szczególnego) wziąłem się za debugowanie zakodowanej aplikacji i 
ku mojemu zdziwieniu strona główna działa. Uruchomiłem aplikację bez 
debugera, bezpośrednio w przeglądarce i też działa. Tak jakby działanie 
debugera coś zmieniło w aplikacji, ale przecież nie powinno.
Po jakimś czasie znowu 404 Not Found.
Proszę o  wytłumaczenie jaka może być przyczyna takiego zachowania 
aplikacji, bo nie wiem jak rozwiązać problem. Czy to na pewno błąd 
obfuskacji?
Używam PHP7, Linux Mint, xdebug, netbeans.