🚀 go-pugleaf

Za odrysowywanie komponentu odpowiada metoda paintComponent, co jak 
widzę już wiesz. W twoim przypadku paintComponent rysuje tylko tło, a 
już dodatkowego kwadratu nie - dodatkowy kwadrat rysujesz w mousePressed.

Problem w tym, że jak zasłonisz swój komponent innym oknem, to po jego 
odsłonięciu wywoła się paintComponent (tak to działa w AWT/Swing), ale 
już mousePressed nie, wiec narysuje się od nowa tylko to, co 
zaimplementowałeś w paintComponent.

Spróbuj tak:
- zadeklaruj sobie flagę zawiadującą rysowaniem tego kwadratu:

   /* początkowo go nie rysujemy */
   private boolean isYellowRectVisible = false;

- w paintComponent zrób sobie ifa:

   if (isYellowRectVisible) { /* rysowanie żłótego kwadratu */ }

- w mousePressed, zamiast rysować, ustawiaj sobie że chcesz,
   aby ten kwadrat się rysował

   isYellowRectVisible = true;

   po czym wymuś odrysowanie komponentu metodą repaint().

Polecam też lekturkę poniższego:
http://java.sun.com/products/jfc/tsc/articles/painting/
http://download.oracle.com/javase/tutorial/uiswing/painting/

-- 
npe